同一時間，位在打狗的劉成良正接獲日軍向北進攻的消息。
「統領，統領，日軍越過了東港溪，攻陷了鳳鼻頭，目前正以極快的速度攻向鳳山了。」一位副將在劉成良辦事處的大廳上，向劉成良報告目前的戰況。
劉成良十分驚訝日軍的推進速度，連忙下令：「快！加派兵馬駐守奉山，此處地勢險要，一旦有失，鳳山就守不住了。」
「是，屬下這就馬上去傳令。」說完便急忙傳令去了。
「來人！來人！」這時劉成良又呼喚著下屬，一位士兵聽到呼喊後，跑了進來，對劉成良說：「統領有何吩咐？」
劉成良對那士兵說：「馬上派人傳電報到台南府城，說在東港的日軍已開始向北進攻，請求總統派兵增援。」
士兵得令後，退了下去，劉成良這時坐立難安，於是站了起來並在大廳裡不斷走動，並一直等待台南的消息。
然而此時卻傳來日軍的艦隊已出現在打狗港外，劉成良大驚，連忙召集所有部隊，準備迎戰，卻在農曆八月二十七日的凌晨三點接獲劉永褔的電報，要他率軍棄守打狗，轉守台南。於是劉成良便領著大部分的守軍，於凌晨四點撤離打狗。
當日的清晨日軍的軍艦用砲轟擊打狗、旗後一帶，並且派遣陸戰隊登陸打狗港，不久便佔領旗後砲台，打狗於是正式被日軍佔領。
其實，此時的劉永褔這邊的戰事也是一愁莫展，日軍的混成第四旅團也在五日前進攻嘉義城，黑旗軍楊泗洪、義勇軍林義成、簡成功、簡精華等率領各分隊據守各要處抵抗，但不支退敗，楊泗洪中彈戰死。隨後日軍分三路包圍嘉義城，守軍奮力抵抗至中午，西門首先被攻破，義軍由南門退出嘉義城，並遭日軍沿路追擊，其中嘉義統領劉步高戰死，嘉義終於失守。
隨著嘉義、打狗陸續失陷，此時的台灣民主國，僅剩台南這一塊最後的根據地。如今的劉永褔早已無心當這個大總統，也不想再抵抗下去。當日軍逼近台南的外圍時，劉永褔根本沒有派出軍隊攻擊，反而是台南周邊十八個村莊，共同推武秀才林崑崗出來領導，成立了十八堡義軍，兵力約五千餘人，於八月二十四日在台南北部的渡仔頭莊與日軍的混成第四旅團發生激戰。義軍人數雖然眾多，但日軍的火力實在優於義勇軍，最後反被日軍逼退，兩軍便隔著急水溪對峙。同一日，日軍又攻下鐵線橋，貞愛親王準備進駐鹽水港，這時被義勇軍在途中襲擊，攻勢一度受阻。
隔日，近衛師團跨越急水溪想要支援貞愛親王，但也被義民林德謙、曾光明，阻在火燒店莊，動彈不得。同時，混成第四旅團的部分部隊在東石港偵查時，被侯西庚得知，於是親率義勇軍包圍在東石港內，日軍堅守防線，彈藥、糧食幾乎耗盡。可惜包圍了一天後，來自布袋嘴的日軍增援抵達東石港，侯西庚見大勢已去，便將義勇軍解散，避免日軍的戰火波及到附近的朴仔腳街。在這個時候，駐守東港的第二師團也在這一天開始北進鳳山及打狗，讓台南遭受到前後夾攻的危急局勢。
於是劉永褔便派人傳電報給劉成良棄守打狗，率軍北上鞏固台南，而南進軍的總司令高島鞆之助下令混成第四旅團開始掃蕩急水溪以北、朴仔腳街以南的地區，一共花了三天的時間進行掃蕩，使得這一帶的村莊幾乎遭到日軍焚毀。
九月一日，混成第四旅團派出將近一半的部隊襲擊蚵寮，也就是林崑岡所率領十八堡聯軍的駐地。林崑岡得知日軍發動攻擊且已擊破二港仔寮的武毅右軍、鎮海中軍的炮兵陣地後，立即帶兵前往竹嵩山迎擊日軍，大約下午二點左右，日軍攻下竹嵩山，林崑岡以及他的長子皆壯烈戰死，但其他的部隊仍然堅守陣地攻擊日軍。只是最後仍一一被日軍所攻破。
隔日，混成第四旅團改由貞愛親王帶領，貞愛親王將部隊分兩路進攻蕭壠及曾文溪，並進攻至麻豆莊，劉光明所率領的防軍六營敗走，逃回台南，使得曾文溪左岸的陣地防線開始瓦解。
而徐驤、柏正材組成的義勇軍佈防在東勢尾莊、曾文溪莊，成為曾文溪一帶的最後一道防線，但日軍的攻勢已經無法可擋。九月三日，日軍攻破了為曾文溪莊、東勢尾莊，徐驤、柏正材英勇陣亡；另一支日軍也幾乎同時攻陷進攻蕭壟社，但這一路日軍竟將整座村莊焚燒夷平，並且進行屠村，使兩千餘村民慘遭殺害。
而劉永褔在得知日本的近衛師團、第二師團與混成第四旅團皆抵達台南城近郊，形成三方包抄的局勢後，便決意潛逃到大陸。於是在九月二日入夜之後，率領舊部及親信將領等一千餘人，脫掉軍裝化成平民，撘乘英國國籍所屬民間輪船『塞里斯輪』準備逃到大陸。
結果『塞里斯輪』卻在九月三日被日軍的海軍巡洋艦「八重山艦」及所屬艦隊攔下，劉永褔及其隨從差點被扣走，所幸在英國及法國介入干涉之下，才得以脫逃至廈門。
由於劉永褔未戰而逃，台南已完全失去抵抗能力。台南當地的士紳為了避免被日軍血洗台南城，便循著台北模式推舉英國牧師巴克禮及宋忠堅為代表，於九月三日請求日本軍隊和平進城，並協助維持秩序。
隔日，日軍順利進入台南城，同時宣布臺灣民主國已經滅亡，經過將近六個月的時間，終於拿下台灣。
對日本而言，認為是花了將近六個月才平定原本就該接收的台灣；但對生長在台灣人民而言，卻是認為僅不到六個月的時間，台灣就全數淪陷，令台灣人民對清軍也好，對唐景崧、邱逢甲、劉永褔也好，都感到失望，也不禁對今後的日子感到絕望。
而六堆這方面，當第二師團揮師北上時，其實就已經在整備當中，然而日軍此次顯然是有備而來，從第二師團北上進攻鳳山、打狗，同時混成第四旅團及近衛師團從嘉義進攻南下，一直到進佔台南為止，竟花了九日就將台灣民主國的主力給消滅，令六堆還未出兵就大勢抵定，推進的速度之快，令人咋舌。
「大總理，既然劉永褔已棄職潛逃到大陸去了，整個南台灣，不，整個台灣都已經在日本的統治之下，我們此時還堅持與他們對抗，豈不是以卵擊石？」
「是呀！大總理，我認為識時務者為俊傑，日軍不管素質、武器都優於我們，這幾場仗下來，我們可以見識到，就算我們的人數比日軍多，仍然是被步步逼退，就連擁有正規軍的劉永褔，都寧願棄軍逃走，我們的抵抗不僅沒有意義，也等於把大家置於死地。」
就在台南城陷落，劉永褔棄職潛逃的隔天，中堆的西勢庄 忠義亭 裡，聚集了各堆的總理、副總理，而底下的管事、文案、教諭、先鋒、旗手、長幹、督糧等各級幹部，甚至四十餘庄上的仕紳等也都列席參加，其主要議題便是對抗日軍的問題。而晉升為先鋒的我，自然也被邀請入席。此時，各堆的總理紛紛發表自己的意見，其中下中堆的總理李鎔經及後堆總理邱毓珍，是主張與日軍和談的立場。
這時上中堆的總理鍾發春站了起來，對著李鎔經、邱毓珍說：「李總理、邱總理，您們的話我並不同意。」鍾發春頓了頓，又大聲地說：「沒錯，論武器裝備，日軍確實優於我們，但我們佔有地形上優勢，若是善用地形與策略，並不見得會輸給日軍。何況日本人並非我族類，就算我們歸順了，能與日本人平起平坐嗎？說不定淪為次等國民，我們所擁有的一切都會被充公、沒收，那到時候的我們，如何過日子呢？與其日後深悔不已，不如今日我們拼一拼，咱們客家子弟，自古以忠義傳世，絕不屈服於異邦外族，勢死抵抗到底！」
上中堆總理鍾發春這一番慨慷激昂的言論，激起在場大多數人的愛國情操，整個大廳『轟』地一聲，叫好聲、支持聲不絕於耳，大家的情緒此時也拉到了最高點。只有主和的李鎔經、邱毓珍靜靜地坐在位子，兩人對視了一下，搖搖頭不發一語。
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邱鳳揚從一開始到現在都不發一語，主要也是先觀察大家對這件事的看法，也好綜合大家的意見，但眼見此時的情況，只見意思是非常明顯了。於是邱鳳揚也站了起來，對大家大聲地說：「各位！各位！請先安靜片刻！」
大伙兒見到大總理起身，紛紛地安靜了下來，邱鳳揚等了一會兒，等到大家都平靜了下來之後，這才開口說：「各位的意見我都聽到了，也都看到了。戰與和，只是對於事情的主張與否，但無論是哪個立場，我都相信大家站在六堆的立場去著想，所以都是為了六堆好才提出的意見。」
邱鳳揚停頓了一下，又接著說：「不過，既然六堆是一個休戚與共、患難共享的團體，我們仍然需要決定出一個共同的方針，好讓大伙兒可以遵行。如果各自為政，立場不同，那就等於分化了大家。因此在這裡我也說說我個人的淺見，然後再由大家共同來決定，對於日本是戰或和。大家認為如何？」
這時眾人紛紛交頭接耳，卻也沒有一個人應答，突然不知是誰起了個頭，叫了一聲『好！』結果其他人也紛紛表態，叫『好』的聲音此起彼落。
邱鳳揚笑著點點頭，又接著說：「日軍強盛、清軍軟弱怯戰，這我們是親眼見過的，因此唐景崧、劉永褔之輩陸續潛逃回大陸，辜負了台灣人民的期望，棄台灣人民於不顧，我們深深為其不恥！如今放眼台灣，大部分的地方，不是投降就是被武力征服，如今抵抗日軍的勢力是愈來愈少了，力量也愈來愈薄弱，因此李總理、邱總理的主張，我能理解，二位是為了地方上的安全及族人的生活著想，為了讓大家不再陷入戰火之中，能夠恢復昔日的和平。所以我非常能夠同意這樣的想法。」
邱鳳揚停頓了一下，話鋒一轉：「然而，我也相信，短暫的和平，並不能為我們帶來真正的平和與安定，如同鍾總理所說，日本人不同於清國，是完完全全不同於中國的外族，如此一個沒有任何歷史淵源的種族來統治我們，將來如何對待我們不得而知，如果能夠給予我們安居樂業的生活，那是萬幸！但萬一從此步入地獄般的日子，那我們該如何是好？所以此時我們若絲毫不抵抗，直接向日軍示弱的話，他日勢必會後悔我們沒有先試著努力就放棄爭取自己生活的自主權利；相反地，我們拼盡抵抗日軍，也許會犧牲掉無數的弟兄，甚至在場的任何一位，但至少我們是為了自己而戰，為了我們家族而戰，為了我們世世代代子孫而戰，那麼縱使最後戰死沙場，也要讓日軍看清楚我們六堆子弟的決心！」
說到最後，大家醞釀已久的情緒瞬間爆發，同時也明白邱鳳揚的立場，此時縱使也有支持李鎔經、邱毓珍立場的人，也明白多說無益，最後選擇沉默以對。於是六堆最後的決議便是『戰』
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注釋：
1、西勢庄即現今屏東縣竹田鄉。
2、忠義亭亦位現今屏東縣竹田鄉境內。清康熙六十年（西元一七二一年）發生朱一貴之亂時，下淡水溪岸的客家庄民相誓倡義，紛紛投效沙場，等亂平之後，清聖祖為賞其功，表彰忠義，並敕賜匾額，建此忠義亭。是六堆居民決定重大事情的聚集之地。